Christiansø Kirke havde til huse på mellemste dæk i Store Tårn fra 1685 – 1821. I 1821 blev kirken flyttet til dens nuværende placering, en lille hvid bygning der oprindeligt var blevet opført som våbensmedje i 1813. Den er blevet nyindviet i år 2008 efter en gennemgribende restaurering. Øen har ikke ansat egen præst, men ca. to gange om måneden kommer en præst og en organist fra Bornholm til øen for at afholde gudstjeneste. Christiansø Kirke står ikke åben til daglig, men kan fremvises ved forudgående henvendelse til en af de lokale guider.
